Opis fabuły:
Trinity podczas rozmowy telefonicznej z Morfeuszem zostaje namierzona przez policję i agentów, w ostatniej chwili udaje jej się uciec. Została wystawiona przez tajemniczego informatora, który teraz daje agentom inny cel: Neo, którego teraz muszą namierzyć agenci. Tymczasem Neo, który ciągle zadaje sobie pytanie czym jest Matrix i poszukujący tajemniczego Morfeusza, dzięki informacjom pojawiającym się na jego komputerze dociera do Trinity. Otrzymuje ostrzeżenie od Morfeusza ale nie udaje mu się uniknąć aresztowania. Agenci ze Smithem na czele próbują wykorzystać go jako przynętę, ale Trinity usuwa z Neo wszczepioną pluskwę. W końcu Neo dociera do Morfeusza, który tłumaczy mu, że Matrix jest światem, który widzi wokół siebie, światem, który jest tylko iluzją stworzoną aby uwięzić ludzi, a Neo jest Wybrańcem mogącym uratować świat. Aby poznać prawdę ostateczną Neo połyka czerwoną pigułkę. Dzięki niej udaje mu się uwolnić spośród tysięcy kokonów żywiących Matrix. Po rekonwalescencji przywracającej mu zdrowie trafia na statek Morfeusza, Nabuchodonozora gdzie poznaje całą jego załogę i prawdę o otaczającym go świecie, rządzonym przez Sztuczną Inteligencję, która produkuje ludzi, aby ci dostarczali jej niezbędnej energii do przetrwania ...