Opis fabuły:
Wojna pomiędzy ludźmi i maszynami zbliża się do końca. Kiedy siły wojskowe Syjonu walczą z inwazją strażników, armia maszyn drąży tunel wprost do ostatniej twierdzy ludzi. W obliczu zagłady mieszkańcy bastionu walczą nie tylko o życie, ale i o przyszłość całej ludzkości. Nie wiedzą, że ich szeregi są infiltrowane od środka: wyzwolony Smith "przejął" członka załogi jednego z poduszkowców floty Syjonu. Rośnie w siłę, nie kontrolują go nawet maszyny. grozi zniszczeniem ich całego imperium, realnego świata Matrixa. Wyrocznia przekazuje Neo rady, które on przyjmuje, chociaż wie, ze jest ona jedynie programem, a jej słowa mogą być kolejną porcją oszystw, częścią schematu Matrixa. Z pomoca Niobe, która choć nie wierzy w przepowiednie Wyroczni, ofiarowuje swój statek, Neo i Trinity decydują się na podróż, jakiej nie odbył wcześniej żaden człowiek - wychodza na zdradziecką powierzchnię, wędrują poprzez spaloną ziemię do serca miasta maszyn. Neo staje twarzą w twarz z największa potęgą świata maszyn - z Deus Ex Machina. Przeznaczenie Neo i los dwóch cywilizacji zalezy od wyniku jego konfrontacji ze Smithem.