Opis fabuły:
Akcja filmu rozpoczyna się w kilka tygodni po tym, jak Neo pokonał Agentów. Tank napisał cracka do Matrixa, wprowadzającego do umysłu każdego człowieka informacje o rzeczywistym świecie. Jednak aby umieścić ten program w Matrycy, trzeba najpierw poznać kody dostępu do jej głównego komputera. Właśnie w tym celu Neo i Trinity wyruszają do Matrixa. Tymczasem do Ziemi zbliża się niezidentyfikowany obiekt - przedstawiciele innej cywilizacji. Dowódcy Zionu nawiązują z nimi kontakt w nadziei, że uzyskają pomoc w wojnie z maszynami. Jednak okazuje się, że obca rasa wcale nie ma intencji pokojowych. Prawda jest taka, że to oni, dzięki eksperymentom genetycznym, stworzyli rasę ludzką i przenieśli ją na Ziemię. Ludzie mieli przygotować tę planetę dla Obcych, gdyż nie mogą oni wytrzymać wysokiej temperatury, jaka panowała na Ziemi jeszcze przed Wielką Wojną. Dokładnie wiedzieli, kiedy Sztuczna Inteligencja spowoduje znaczne ochłodzenie klimatu, ponieważ dawniej sami przez to przechodzili. Nie wszystko poszło jednak zgodnie z planem - ludzie przeżyli. Obcy muszą teraz, oprócz zniszczenia maszyn (co jest dla nich banalne - wystarczy wejść do Matrixa i odłączyć główny komputer), także zabić resztki ludzi. W tej sytuacji ludzie zawierają sojusz z maszynami. Neo i Trinity muszą powstrzymać Obcych w Matrixie, a maszyny pomogą w obronie Zionu. W ten sposób rozpoczyna się kolejna wojna...