W trakcie swojej 15-letniej współpracy, agent J (Will Smith) widział już kilka rzeczy, ale nic, nawet kosmici, nie intryguje go tak bardzo jak jego sarkastyczny, małomówny partner, agent K (Tommy Lee Jones). Gdy umiera Z, jeden z bohaterów, i K wygłasza na jego temat mowę pochwalną, wszyscy dowiadują się, że Z był jego przyjacielem przez 45 lat. Właśnie to sprawia, że J zaczyna zastanawiać się, co tak naprawdę wie o siedzącym obok niego facecie. Zbiega się to w czasie z ucieczką obcego, Borysa Zwierzaka (Jemaine Clement). K pozbył się go 40 lat wcześniej, a teraz Zwierzak powraca, żeby odegrać się na K. Zemsta kosmity polega na tym, by wrócić do roku 1969 i zabić agenta K. W roku 2012 nikt nie zdaję sobie sprawy z tego, że K został 40 lat temu zamordowany, nikt z wyjątkiem J, który zastanawia się, co się stało z jego partnerem. Aby ocalić K, J podąża za Borysem w przeszłość i dostrzega możliwości pogłębienie swojej wiedzy o partnerze. J odkrywa m. in., że istnieją tajemnice, o których K nigdy mu nie powiedział. Tajemnice, które same ujrzą światło dzienne, kiedy J połączy siły z młodym agentem K (Josh Brolin), aby uratować partnera, agencję i przyszłość rodzaju ludzkiego.